LAFSA fue creada el 21 de mayo de 2003 mediante un decreto de necesidad y urgencia del entonces presidente Eduardo Duhalde, cuatro días antes de finalizar su mandato.

En ese decreto, se indicaba que “el Estado nacional considera oportuno la creación de una empresa de transporte aéreo, que se encontrará transitoriamente y hasta su privatización en la órbita estatal, sujeta al régimen de derecho privado”, ya que “el transporte de cabotaje constituye un pilar en la reglamentación del transporte aéreo, así como un elemento primordial para asegurar la satisfacción de necesidades básicas de los habitantes de nuestro país”.

Sin embargo, la empresa, que llegó a contar con 850 empleados, nunca realizó vuelos comerciales y ni siquiera tuvo aeronaves.