Su misión consistía en recoger dinero para financiar la resistencia de los movimientos islamistas contra las tropas de ocupación soviéticas. Escribía también violentas diatribas contra los comunistas, sin olvidar también al Occidente “decadente”. En 1980 empieza a reclutar guerrilleros proafganos y establece sus primeros campamentos. Fue entrenado por la CIA y aprendió por la instrucción cómo mover dinero a través de sociedades fantasmas y paraísos fiscales; a preparar explosivos; a utilizar códigos cifrados para comunicarse y a ocultarse.

En esa época los Estados Unidos aportaban su ayuda incondicional a todos los grupos afganos debido a su participación en la guerra contra la URSS (entre 1979 y 1989 los norteamericanos entregaron cerca de tres mil millones de dólares a la resistencia afgana, que favoreció a Bin Laden, y cerca de 35.000 combatientes, procedentes de 40 países, fueron formados como guerrilleros en los campos de entrenamiento situados a lo largo de la frontera con Pakistán). En 1988 funda Al Qaeda, La Base, en árabe. La mayoría de sus miembros son veteranos de la guerra de Afganistán. El grupo tiene bases en Argelia, Uzbekistán, Siria, Pakistán, Indonesia, Filipinas, Líbano, Irak, Kosovo, Chechenia, Cisjordania y Gaza.