En el año de 1220, el rey Don Pedro de Portugal regresó de una expedición a Marruecos y trajo consigo las reliquias de los santos frailes-franciscanos que, poco tiempo antes habían obtenido allá un glorioso martirio. Fernando que por entonces había pasado ocho años en Coimbra, se sintió profundamente conmovido a la vista de aquellas reliquias y nació en lo íntimo de su corazón el anhelo de dar la vida por Cristo.

Poco después, algunos frailes franciscanos llegaron a hospedarse en el convento de la Santa Cruz, donde estaba Fernando; éste les abrió su corazón y fue tan empeñosa su insistencia, que a principio de 1221, se le admitió en la orden. Casi inmediatamente después, se le autorizó para embarcar hacia Marruecos a fin de predicar el Evangelio a los moros. Pero no bien llegó a aquellas tierras donde pensaba conquistar la gloria, cuando fue atacado por una grave enfermedad (hidropesía),que le dejó postrado e incapacitado durante varios meses y, a fin de cuentas, fue necesario devolverlo a Europa. La nave en que se embarcó, empujada por fuertes vientos, se desvió y fue a parar en Messina, la capital de Sicilia. Con grandes penalidades, viajó desde la isla a la ciudad de Asís donde, según le habían informado sus hermanos en Sicilia, iba a llevarse a cabo un capítulo general. Aquella fue la gran asamblea de 1221, el último de los capítulos que admitió la participación de todos los miembros de la orden;