Frustrado su intento de quedarse en Tierra Santa, emprende estudios en Barcelona, Alcalá y París. No cesó de tener problemas, incluso palizas, juicios y encarcelamientos, por su influencia en la gente que dirigía espiritualmente. En Barcelona, le recogió casi muerto un molinero. Un mercenario lo apaleó a cuenta de un caballero cuya amante religiosa había apartado Ignacio de su extraviado camino. En Alcalá fue encadenado en tanto regresasen dos feligresas suyas desaparecidas con motivo de una peregrinación desaconsejada por Ignacio. En Salamanca, le detienen los dominicos. En París, escapó por poco de una humillación pública, acusado de desviar espiritualmente a los estudiantes.