El pueblo de Baviera demostró muy buenas disposiciones para aceptar el cristianismo. Y pronto los templos paganos se fueron transformando en templos cristianos y apoyados por las curaciones milagrosas que hacía, los sermones de San Ruperto lograron un gran número de conversiones.

Junto con sus misioneros fueron recorriendo las orillas del río Danubio predicando y convirtiendo a miles de personas. Llegando a la ciudad de Jerusalén obtuvo del gobierno el permiso de reconstruirla y cambiarle de nombre. Le puso el nombre de Salzburgo (nombre que se ha hecho después mundialmente famoso porque en esa ciudad nació y murió el célebre músico Mozart). En aquella ciudad construyó ocho edificios para obras religiosas y varios templos. Se fue a su tierra Irlanda y se trajo doce nuevos misioneros y convenció a su hermana Santa Erentrudes a que fundara un convento de religiosas allí, y ella y sus monjas contribuyeron mucho a propagar la religión